Die Schlei ist ein Meeresarm der Ostsee, der mit einer Länge von 42 Kilometern von Schleimünde im Osten, bis nach Schleswig im Westen in das Landesinnere hineinreicht. Aufgrund ihrer Gegebenheiten ist die Schlei kein Fluss, sondern ein Fjord. Ihre Gestalt ist vielfältig - leicht hügelige Landschaften wechseln sich mit Raps- und Kornfeldern ab und die etwa 151 Kilometer lange Uferlinie ist gesäumt mit weitläufigen Nooren, wie die Buchten in der Region genannt werden.

Im Durschnitt liegt die Breite der Schlei bei 1,3 Kilometern. Besonders sind hierbei die Missunder Enge mit gerade einmal 135 Meter Breite und die Große Breite mit 4 Kilometern Breite, wo sich die Schlei ähnlich wie ein großer See auszubreiten scheint. Mit einer durschnittlichen Wassertiefe von 3 Metern zählt die Schlei eher zu den flacheren Teilen der Ostsee. Zusätzlich ist, aufgrund von mehreren Engen im Westen von Arnis, zu beachten, dass nur wenige große Schiffe bis nach Schleswig gelangen können.

Die Schlei ist ein Mischgewässer. Je weiter man aus Richtung der Ostsee nach Schleswig gelangt, desto geringer wird der Salzgehalt im Wasser.

Bis Schleswig liegt die Tiefe der Fahrrinne bei etwas über 2 Meter. Für eine Fahrt mit dem Schiff bis zum Ende der Schlei sollte das eigene Boot einen entsprechenden Tiefgang haben und der Skipper stets das Echolot im Blick behalten, da der Wasserstand in der Schlei in Abhängigkeit von der vorherrschenden Windrichtigung auf Schlei und Ostsee variiert.